"System Biology and Physiology": two years of development
М. А. Пантелеев 1,2,3.
M.A. Panteleev 1,2,3
1 ФГБУН центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН, ул. Средняя Калитниковская 30, Москва, Россия, 109029
2 ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева, ул. Саморы Машела, 1, Москва, Россия, 117997
3 Физический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова
1 Center for Theoretical Problems of Physico-chemical Pharmacology, Russian Academy of Sciences, 30 Sred-nyaya Kalitnikovskaya st., Moscow, 109029, Russia
2 Dmitry Rogachev National Medical Research Centre of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology, 1 Samory Mashela st., Moscow, 117997, Russia
3 Faculty of Physics, Lomonosov Moscow State University, 1/2 Leninskiye Gory, Moscow, 119991, Russia
# Автор для переписки: mapanteleev@yandex.ru
Получено: 12.05.2023 Принято к публикации: 28.06.2023 Опубликовано: 30.12.2023
EDN: GARZRK
В Дорогие коллеги,
“Системная биология и физиология” появилась на свет в 2022 году. Будущие историки с большой вероятностью будут называть этот год поворотным в новейшей истории человечества (возможно, коронавирусный 2020-й сможет немного оспорить это звание). Геополитические катаклизмы не обошли стороной и развитие нашего журнала. Изначально мы задумывали русский журнал как брата-близнеца англоязычного журнала Systems Biology and Physiology Reports, который был запущен той же группой энтузиастов несколькими годами ранее. Однако, возникшие ограничения стали препятствием и к поддержанию англоязычной версии журнала в целом, и к участию представителей многих стран в его работе. Таким образом, “Системная биология и физиология” сразу же начала развиваться в ином направлении - как самостоятельный русскоязычный журнал при Центре теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН. В настоящий момент журнал стабильно выходит на платформе elibrary и входит в систему индексации РИНЦ. Хотелось бы от всей души поблагодарить всех, благодаря кому все это стало возможным - и техническую команду, и редакторов, и авторов статей. Нашей следующей целью на горизонте двух-четырех лет является вхождение журнала в число основных периодических изданий в своей области, которое сможет позволить авторам наших статей использовать их для отчетов по грантам, госзаданию и при защитах кандидатских и докторских диссертаций.
Что мы успели опубликовать за минувшие два года? Какие были самые интересные работы, появившиеся на наших страницах?Первый номер русского журнала открывался работой коллектива из Беларуси (Кохан и соавт.), посвященной уникальной технологии использования метода локальной фиксации потенциала для исследования ионных токов в мембранах тромбоцита [1], позднее также развитая в работе [2]. Также к методической категории относится работа Александровой и соавторов, посвященная проблеме правильного учета многоуровневой структуры биологических данных при статистическом анализе биологических экспериментов [3], работа Дмитрия Виноградова по методам моделирования биополимеров [4], равно как и работа Коробкиной с коллегами по моделированию ламеллиподий тромбоцитов [5]). Другие методические аспекты подсвечиваются в работе Сергея Обыденного по маркерам клеточной смерти [6], работе Реут и соавторов по детекции функциональной активности нейтрофилов [7], а также работе Николаевой и соавторов по методам исследования стабильности белков [8]).
Работы Гарсона Дасгупты [9], Табачника [10], Болдовой и соавторов [11] посвящены разным фундаментальным аспектам внутриклеточной сигнализации, в то время как другие авторы сосредотачивались на клинически значимых эффектах внутриклеточных [12] и внеклеточных [13] процессов. В текущем номере выходит работа Екатерины Ивановской, сосредоточенная на регуляцию пролиферации фибробластов кожи поперечно сшитыми продуктами гиалуроновой кислоты [14]. Из “внеклеточных” работ можно отметить исследование Георгия Быкова, посвященное регуляции потоков крови в мозге в случае ишемического инсульта [15].
Кроме оригинальных статей, на протяжении всех лет мы активно печатали обзоры - по механизмам внутриклеточной сигнализации [16], методам моделирования тромбообразования [17], проблемам визуализации микротрубочек [18], проблемах везикуляции [19], структуре и кинетике мембранных взаимодействий аннексина V [20].
В 2022 и 2023 году наш журнал выступил рупором ежегодной конференции ЦТП ФХФ РАН по системной биологии: дополнительный выпуск 2022го года содержал многочисленные тезисы, а в 2023 году конференция была представлена сообщение ее председателя Никиты Гудимчука о представленных на ней современных тенденциях в исследовании проблем клеточного цитоскелета [21].
Можно сделать несколько полезных наблюдений в связи с текущим статусом журнала. Во-первых, можно видеть, что методические работы находятся на первом месте по числу статей, в то время как обзоры и оригинальные исследования делят второе и третье места. Скорее всего, это закономерно отражает текущий статус журнала (его отсутствие в списках и системах индексации журналов, учитываемых ВАК и РНФ), но стоит приложить усилия к повышению сбалансированности его портфеля. Во-вторых, показатели цитирования указанных работ крайне низкие. Это может быть связано с техническими трудностями платформы, задержками выкладок и проблемами использования EDN-идентификаторов (я напомню, что идентификаторы DOI сейчас для российских журналов недоступны). Однако, любой прогресс в развитии журнала невозможен без преодоления этих проблем, и работа по улучшению прозрачности и облегчению цитирования журнала сейчас будет для нас первым приоритетом.
Еще раз всем спасибо и с наступающим 2024м годом!
Список литературы
[1]. А.Ю. Кохан, С.О. Зданевич, И.И. Прокофьев, И.В. Горудко, Е.В. Шамова, Метод пэтч-клэмп для изучения ионных каналов активированных тромбоцитов, Системная биология и физиология 1 (2022) 5-13.
[2] А.Ю. Кохан, И.И. Прокофьев, С.О. Зданевич, Л.М. Лукьяненко, Е.В. Шамова, Метод регистрации мембранного потенциала тромбоцитов с использованием пэтч-клампа в конфигурации перфорированная «целая клетка», Системная биология и физиология 2 (2023) 20-26.
[3] В.В. Александрова, М.Н. Анисимов, И.А. Ельцов, А.П. Килина, Ю.Н. Лопанская, Л.Ю. Макарова, М.А. Вовченко, Н.Б. Гудимчук, Как избежать ошибок при статистическом анализе биологических экспериментов с помощью простого симулятора многоуровневых данных, Системная биология и физиология 1 (2022) 24- 32.
[4] Д.С. Виноградов, Моделирование биополимеров методом броуновской динамики, Системная биология и физиология 2 (2023) 00-00.
[5] Ю.Д.Д. Коробкина, А.Н. Свешникова, Возможный подход к компьютерному моделированию формирования ламеллоподий тромбоцитов, Системная биология и физиология 1 (2022) 9-12.
[6] С.И. Обыденный, Преимущество применения лактадгерина для оценки экспонирования фосфатидилсерина в тромбоцитах, Системная биология и физиология 2 (2023) 11-13.
[7] В.Е. Реут, Д.В. Григорьева, А.В. Соколов, А.М. Панасенко, И.В. Горудко, Оценка функциональной активности нейтрофилов с применением красителей феноксазинового ряда, Системная биология и физиология 2 (2023) 14-19.
[8] Е.И. Николаева, Н. Колчин, З. Нестеренко, Е. Кольцова, М.А. Пантелеев, К.Р. Бутов, Изучение стабильности белка с помощью проточной цитофлуорометрии и вестерн блота: сравнительное исследование, Системная биология и физиология 2 (2023) 27-31.
[9] А.К. Гарсон Дасгупта, Прямое взаимодействие белков Стим1-Ораи1 не может управлять депо управляемым входом кальция в тромбоцитах, Системная биология и физиология 1 (2022) 33- 38.
[10] А.К. Табачник, Фосфотидилинозитол- содержащие везикулы необходимы для активации PLC ζ в соответствии с предсказанием математической модели, Системная биология и физиология 1 (2022) 49- 54.(2023) 3-10.
[11] А.Е. Болдова, В.Д. Василевская, А.Н. Свешникова, Математическая модель рецептора 3 типа к инозитол-3-фосфату (IP3R3), Системная биология и физиология 2 (2023) 3-10.
[12] М.Г. Степанян, А.А. Мартьянов, О.И. Ан, А.Е.Болдова, С.А. Румянцев, А.Г. Румянцев, М.А. Пантелеев, Ф.И. Атауллаханов, А.Н. Свешникова, Существует значимая корреляция между гиперактивацией тромбоцитов и их потреблением при COVID-19. Пилотное исследование на пациентах из больницы ЦКБ РАН (г. Троицк), Системная биология и физиология 1 (2022) 39-48.
[13] И.М. Власова, А.А. Власов, Анализ уровня окислительного стресса по оценке повреждения белка плазмы сывороточного альбумина под действием окислительного агента, Системная биология и физиология 1 (2022) 3-8.
[14] Е.В. Ивановская, Влияние поперечно сшитых продуктов гиалуроновой кислоты на пролиферацию фибробластов кожи человека в культуре, Системная биология и физиология 2 (2023) 20-25.
[15] Г.А. Быков, Реологические условия в системе кровоснабжения мозга при ишемическом инсульте, Системная биология и физиология 2 (2023) 26-35.
[16] М.А. Пантелеев, М.Г. Степанян, А.Н. Свешникова, Функциональные ответы тромбоцитов и внутриклеточная сигнализация: молекулярные связи. Часть 1: ответы, Системная биология и физиология 1 (2022) 14- 23.
[17] А.Е. Асадов, И.К. Чудинов, Д.Ю. Нечипуренко, Современные подходы к моделированию тромбоза и гемостаза in vitro, Системная биология и физиология 1 (2022) 55-65.
[18] М.Н. Анисимов, Подходы к визуализации динамики микротрубочек in vitro, Системная биология и физиология 1 (2022) 66-81.
[19] Т.И. Кадыров, А.Н. Свешникова, М.А. Пантелеев, Репарация плазматической мембраны, блеббинг и микровезикуляция: параллели и взаимосвязи, Системная биологияи физиология 1 (2022) 13-20.
[20] Т.А. Коваленко, Аннексин V: связывающийсяс мембраной белок с широчайшим набором функций, Системная биология и физиология 1 (2022) 21-33.
[21] Н.Б. Гудимчук, О IV международной конференции “Системная биология и системная физиология - 2023. Цитоскелет”, Системная биология и физиология 2 (2023) 5-6.